При ответе на этот вопрос необходимо учитывать, что в соответствии с п. 1 ст. 41 НК РФ доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить, и определяемая для физических лиц в соответствии с гл. 23 "Налог на доходы физических лиц" Кодекса.

Согласно п. 1 ст. 210 НК РФ при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212 Кодекса.

 

В силу абз. 2 подп. 2 п. 2 ст. 220 НК РФ вместо получения имущественного налогового вычета при продаже доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при получении денежных средств, иного имущества (имущественных прав) акционером (участником, пайщиком) организации в случае ее ликвидации, при уменьшении номинальной стоимости доли в уставном капитале общества, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством) налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (имущественных прав).

Таким образом, при получении денег от организации в случае ее ликвидации участник ООО вправе уменьшить сумму полученного дохода на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением доли. 

 

В соответствии с п.7 ст.220 НК РФ имущественные налоговые вычеты предоставляются при подаче налогоплательщиком налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода.

 

Таким образом, предоставление у налогового агента имущественного налогового вычета при передаче средств участнику общества в случае его ликвидации НК РФ не предусмотрено.

 

Аналогичный вывод сделан в Письмах Минфина России от 28.05.2019 № 03-04-05/38804, № 03-04-05/38806, от 14.03.2018 № 03-04-05/15640, от 27.05.2016 № 03-04-06/30627.

Следовательно, при выплате дохода участнику при ликвидации организация как налоговый агент обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму НДФЛ в общеустановленном порядке с полной суммы выплаченного дохода.

При этом физическое лицо, получившее доход в виде части имущества ООО, с целью получения имущественного вычета, связанного с ее приобретением, должно представить налоговую декларацию по форме 3-НДФЛ в налоговый орган.

Таким образом, при выплате участнику доли по «ликвидационной стоимости» организация как налоговый агент обязана удержать НДФЛ со всей суммы полученного налогоплательщиком дохода.